Gatto, LaurentDe Smet, CharlesDevis, JulieJulieDevis2025-05-142025-05-142025-05-142022https://hdl.handle.net/2078.2/27628Les gènes cancer-germline (CG) sont des gènes tissu-spécifiques dont l’expression, régulée par la méthylation de l’ADN, est limitée à la lignée germinale. Dans les tumeurs, les profils de méthylation sont profondément altérés et la déméthylation permet l’activation de ces gènes. Les mécanismes responsables de cette déméthylation sont mal connus. Une hypothèse est que la méthylation soit progressivement perdue durant la prolifération. En effet, une déméthylation progressive est observée sur des domaines partiellement méthylés (PMD) associés à la réplication tardive et aux domaines associés à la lamina. Les PMDs sont conservés dans les tissus normaux et tumoraux mais le niveau d’hypométhylation varie selon la prolifération. Certains éléments suggèrent que les gènes CG soient associés aux PMDs et donc peut-être affectés par leur déméthylation. Nous avons donc voulu analyser cela. Afin de pouvoir analyser rigoureusement les gènes CG, nous avons développé le package CGexploreR qui permet l’exploration et l’analyse des gènes CG. Il reprend la liste des gènes CG, annotée de leur localisation chromosomique précise, leur expression dans différents tissus et lignées cellulaires, ainsi que des fonctions qui permettent la visualisation de ces données. Nous avons ensuite analysé l’association des gènes CG avec les PMDs. Pour cela, nous avons défini les PMDs sur l’ensemble des chromosomes dans une lignée de fibroblastes mâles. Nous avons observé un enrichissement de gènes CG dans les PMDs, de fait 63.9% des promoteurs des gènes CG se trouvent dans les PMDs. Grâce à des données de méthylation de lymphocytes T CD4+ à différents âges, nous avons observé que la méthylation des gènes CG lors du vieillissement n’évolue pas comme celle des PMDs dans lesquels ils se trouvent, ni comme celle des autres gènes se trouvant dans les PMDs. Les gènes CG perdent significativement moins de méthylation au cours du temps. Il y aurait donc une protection des gènes CG face à la déméthylation qui a lieu dans les PMDs lors du vieillissement. Nous avons alors tenté de déterminer ce qui permet cette protection. Nous avons remarqué qu’il y a une relation entre l’ampleur de la déméthylation et la densité en CpG des promoteurs : les gènes dont le promoteur est riche en CpG, comme les gènes CG, perdent moins de méthylation. Nos résultats montrent donc que les gènes CG se trouvent dans les PMDs mais qu’ils sont protégés de la déméthylation qui a lieu durant le vieillissement, en partie grâce à la densité en CpG de leurs promoteurs. La déméthylation des gènes CG visible dans les tumeurs n’est donc pas associée à la prolifération cellulaire.méthylationproliférationgènes cancer-germlinetext::thesis::master thesisthesis:35860