les endophytes fongiques: une alternative de lutte contre la fusariose au Bénin

Details

Supervisors

Legrève, Anne ; Thonon, Salomé

Faculty

Faculté des bioingénieurs

Degree label

Master [120] : bioingénieur en sciences agronomiques, à finalité spécialisée

Abstract

frAu Bénin, comme dans de nombreux pays producteurs de bananes, la fusariose causée par Fusarium oxysporum f. sp. cubense (Foc) constitue une menace majeure pour une culture essentielle à la sécurité alimentaire et à l’économie locale. En raison de l’absence de méthodes de lutte chimique réellement efficaces, le développement de stratégies de gestion plus durables apparaît indispensable. Ce mémoire a pour objectif d’évaluer le potentiel des endophytes fongiques isolés à partir de plants asymptomatiques des cultivars de bananier Sotoumon et Aloga kokolodjo, utilisés seuls ou au sein de communautés associant champignons et bactéries, dans la lutte contre la fusariose du bananier. Il vise également à développer un outil permettant de visualiser les interactions entre le champignon pathogène et la plante hôte. L’hypothèse principale est que certains endophytes locaux pourraient contribuer à renforcer la résistance du bananier face au pathogène et ainsi limiter le développement de la maladie. L’étude s’est articulée autour de trois axes principaux : (1) la caractérisation des communautés d’endophytes fongiques associées aux racines de deux cultivars de bananier présentant des niveaux de sensibilité et des états sanitaires différents ; (2) l’évaluation in vitro et in planta du potentiel antagoniste et protecteur de plusieurs endophytes sélectionnés contre Foc ; et (3) la mise au point d’un protocole permettant la visualisation du pathogène au sein des tissus végétaux à l’aide d’une souche fluorescente. Les résultats ont mis en évidence des différences dans la composition des communautés fongiques selon le cultivar et l’état sanitaire des plantes. Les essais in vitro ont permis d’identifier deux endophytes fongiques présentant une activité antagoniste significative contre le pathogène. Toutefois, les essais in planta ont montré qu’un seul de ces candidats, F. nematophilum, ne semblait pas affecter négativement la croissance du bananier. Enfin, le protocole développé a permis de visualiser Foc dans les tissus végétaux et d’optimiser les conditions d’observation du pathogène. Ces travaux ouvrent des perspectives pour le développement de stratégies de biocontrôle adaptées aux conditions de production du Bénin et contribuent à une meilleure compréhension des interactions entre le bananier, son microbiote et le pathogène responsable de la fusariose.