Implication des Short Linear Motifs (SLiMs) dans l’altération, par les virus, de l’immunité innée via STAT2

Details

Supervisors

Michiels, Thomas

Faculty

Faculté de pharmacie et des sciences biomédicales

Degree label

Master [120] en sciences biomédicales, à finalité approfondie

Abstract

frLes Short Linear Motifs (SLiMs) sont des petits motifs d’interactions protéiques utilisés par les cellules humaines dans le but de réguler de nombreux processus biologiques. Les virus utilisent les SLiMs humains afin de détourner les voies de signalisation cellulaire à leur avantage. Entre autres, la voie JAK/STAT, en réponse aux interférons de type I est régulièrement ciblée par les virus. Elle implique les récepteurs IFNAR1 et IFNAR2 ainsi que les protéines STAT1 et STAT2 qui participent à un complexe activant la transcription des interferon stimulated genes (ISGs), des gènes qui codent pour des protéines dont l’action est essentiellement anti-virale. Au laboratoire, AlphaFold a été utilisé afin de prédire des interactions entre STAT2 et ses interacteurs connus. Ces résultats ont montré que la protéine humaine IFNAR2 ainsi que les protéines virales IE1 de l’herpès virus humain de type 5, V du virus Nipah et W du virus Hendra possèdent tous un SLiM similaire susceptible d’interagir avec STAT2. Dans un premier temps, les prédictions AlphaFold ont été validées. Des co-immunoprécipitations ont confirmé que les protéines IE1 wt et IFNAR2 ainsi que les SLiMs de IE1, V et W intéragissent avec STAT2, mais que l’interaction est perdue lorsque le SLiM de IE1 est muté. Ensuite, une mutagenèse du SLiM de IE1 a été réalisée afin de mettre en évidence les résidus clés pour l’interaction avec STAT2. Ces résultats ont permis de caractériser un consensus de liaison de STAT2. Finalement, ce consensus a été utilisé pour cribler les protéomes viraux et identifier de nouveaux partenairs capables de se lier à STAT2 via des SLiMs similaires. De cette manière, les SLiMs des protéines virales EBNA6 et EBNA4 du virus d’Epstein-Barr et VP1 du virus adéno-associé 2 ont été testés par marquage de proximité avec la biotine ligase TurboID.