Étude sur le microbiote phyllosphérique du blé et son influence sur la propagation de Xanthomonas translucens pv. undulosa

Details

Supervisors

Bragard, Claude

Faculty

Faculté des bioingénieurs

Degree label

Master [120] : bioingénieur en sciences agronomiques, à finalité spécialisée

Abstract

Xanthomonas translucens pv. undulosa, agent bactérien responsable de la strie foliaire et de la glume noire sur les cultures de froment, engendre d’importantes pertes économiques. Sa gestion est rendue complexe par les interactions hôte-pathogène et le changement climatique. Ce mémoire explore l’optimisation de pratiques de biocontrôle. Il constitue une base de données sur l’établissement de communautés bactériennes endophytes et épiphytes chez deux cultivars de blé tendre, antagonistes à Xanthomonas. Un isolement de 240 bactéries issues de la phyllosphère des cultivars Alondra et Chevignon a été effectué. Ces souches ont fait l’objet d’une présélection par des tests de confrontation in vitro contre Xanthomonas translucens. Les souches bactériennes à effet antagoniste ont été séquencées et les Bacillus et Pseudomonas s’avèrent être des candidats prometteurs. De nouveaux tests, réalisés à différentes concentrations bactériennes, ont révélé un seuil d’efficacité antagoniste pour les Bacillus : B. nakamurai (BN-222), B. tequilensis (BT-113), B. tequilensis (BT-167), B. subtilis (BS-304) et B. subtilis (BS-306) sont efficaces. La détection inattendue de B. nakamurai a conduit à un séquençage complet du génome, lequel a exclu qu’il s’agisse d’une nouvelle souche et mis en évidence sa capacité de survie à long terme dans les serres. Enfin, deux expériences in planta ont été effectuées. La première, préliminaire, a permis d’évaluer la sensibilité des cultivars, la méthode d’inoculation et le facteur temporel. La seconde teste l’efficacité du seed coating de trois Bacillus contre Xtu, mettant en avant le rôle protecteur du microbiote pour les cultivars Alondra et Chevignon.