Impact des fusions du facteur de transcription SRF dans des tumeurs pédiatriques : Identification des protéines partenaires par BioID

Details

Supervisors

Demoulin, Jean-Baptiste

Faculty

Faculté de pharmacie et des sciences biomédicales

Degree label

Master [120] en sciences biomédicales, à finalité approfondie

Abstract

Le facteur de transcription SRF joue un rôle central dans le développement embryonnaire et le maintien des tissus adultes en régulant l'expression de gènes essentiels à la prolifération et à la différenciation cellulaire. Le laboratoire d’accueil a identifié des fusions de ce gène dans des myofibromes. D’autres équipes ont découvert des fusions du gène SRF avec des partenaires comme FOXO1, RELA ou PDGFRβ dans des tumeurs musculaires, périvasculaires et myofibroblastiques. Les résultats de notre laboratoire suggèrent que ces fusions agissent comme des facteurs de transcription hyper actifs, et pourraient contribuer à l’oncogenèse. Ce projet vise à identifier les protéines interagissant avec les fusions de SRF afin de mieux comprendre leur rôle dans les processus tumoraux. Le système BioID, basé sur une biotine ligase permettant de détecter les interactions protéiques à proximité, a été utilisé à cette fin. Après validation de l'expression et de l'activité des protéines de fusion dans les cellules HEK293T, ce système a permis d’étudier les interactions dans un modèle cellulaire pertinent : les cellules souches mésenchymateuses (MSC). Les protéines biotinylées ont été isolées à l’aide de billes magnétiques couplées à de la streptavidine, puis analysées par spectrométrie de masse (MS) pour identifier et comparer les partenaires protéiques des fusions avec ceux de SRF wildtype (WT). Les analyses ont révélé des gains et des pertes d’interactions. Les pertes, particulièrement intéressantes, concernent des protéines impliquées dans des processus clés tels que la régulation transcriptionnelle, le remodelage de la chromatine et l’épissage de l’ARN. Ces pertes pourraient jouer un rôle majeur dans les dérégulations transcriptionnelles et l’instabilité génomique caractéristiques des tumeurs associées aux fusions de SRF. Une mise au point reste toutefois nécessaire, car nous n’avons pas encore pu confirmer ces interactions par co-immunoprécipitation (Co-IP). Les prochaines étapes consisteront à valider ces interactions pour établir leur pertinence fonctionnelle et leur implication dans la tumorigenèse. Malgré cette limitation, les résultats obtenus jusqu’à présent permettent d’approfondir notre compréhension des mécanismes moléculaires associés aux fusions de SRF. Ils ouvrent de nouvelles perspectives pour l’étude de ces tumeurs et offrent des pistes prometteuses pour des recherches futures, ainsi que des approches thérapeutiques potentielles.