Compatibilité et spectre d’hôtes de Polymyxa graminis f. sp. colombiana et du rice stripe necrosis virus

Details

Supervisors

Legrève, Anne ; Genard, Margaux

Faculty

Faculté des bioingénieurs

Degree label

Master [120] : bioingénieur en sciences agronomiques, à finalité spécialisée

Abstract

frLe riz (Oryza sativa) est une culture essentielle à l’échelle mondiale, nourrissant près de la moitié de la population. Cependant, sa production est fortement menacée, notamment par des maladies fongiques, bactériennes et virales. Parmi celles-ci, le rice stripe necrosis virus (RSNV) représente une menace croissante. Présent en Afrique et en Amérique du Sud, ce virus est responsable de pertes de rendement importantes chez le riz, pouvant aller jusqu’à 80 % dans certaines régions. Bien qu’initialement considéré comme spécifique à la culture du riz, le RSNV a récemment été détecté sur d'autres céréales comme l’orge ou l’avoine, suggérant un éventuel élargissement de sa gamme d’hôtes. Le RSNV est transmis par Polymyxa graminis f. sp. colombiana (Pgcol), un protiste du sol appartenant aux Plasmodiophoromycètes. Ce vecteur colonise les racines via des spores de survie et des zoospores mobiles, et peut survivre longtemps dans le sol, permettant au virus de conserver son pouvoir infectieux. Pgcol a été décrit comme spécifique au riz. Face au manque de connaissances sur le spectre d’hôtes de Pgcol et du RSNV, l’objectif principal de ce travail était de mieux comprendre la compatibilité entre Pgcol et les espèces céréalières, afin de vérifier la réelle étendue de sa gamme d’hôtes. Trois types de bioessais ont été mis en place sous conditions contrôlées afin d'explorer les interactions entre Pgcol, le RSNV et les espèces monocotylédones (riz, blé dur, blé tendre, orge, sorgho et maïs). Un premier essai a consisté à suivre l’infection de Pgcol sur le riz, dans le but de déterminer les concentrations optimales de production de zoospores et d'infection par le vecteur. Quatre essais supplémentaires ont visé à évaluer la gamme d’hôtes de Pgcol et du RSNV en testant six espèces de céréales. Enfin, un troisième essai a été mené afin d’évaluer la capacité de réinfection de Pgcol et du RSNV sur le riz après passage dans un hôte alterne. Pour l’ensemble des essais, l’infection a été évaluée par RT-PCR, ainsi que par des observations microscopiques, permettant d’identifier les structures caractéristiques du protiste dans les tissus racinaires. Les résultats mettent en évidence une diversité d’interactions hôte-vecteur-virus, dépendante à la fois de l’espèce végétale, du type d’inoculum utilisé ainsi que de sa concentration. Elles confirment que le pathosystème Pgcol–RSNV ne se limite pas strictement au riz et pourrait s’étendre à d’autres cultures céréalières telles que le blé, l’orge et, dans une nettement moindre mesure, le sorgho et le maïs.