Caractérisation d'une protéine du virus de la varicelle interagissant avec les kinases RSK

Details

Supervisors

Michiels, Thomas

Faculty

Faculté de pharmacie et des sciences biomédicales

Degree label

Master [120] en sciences biomédicales, à finalité approfondie

Abstract

Le virus de la varicelle (VZV) est un virus à ADN qui infecte couramment l'homme durant la petite enfance. Lors de l'infection, certaines protéines virales interagissent avec des protéines cellulaires afin d'en détourner le fonctionnement au profit du virus. De précédents travaux ont permis de montrer que les protéines virales ORF1 et ORF11 interagissent avec des kinases cellulaires de la famille RSK. Cette interaction est assurée par un court motif linéaire (SLiM) dont la séquence peptidique est proche de DDVF qui reconnaît une région structurée de RSK. Ce travail se concentre sur l'identification et la caractérisation d'autres protéines de VZV contenant un SLiM analogue à DDVF et susceptible d'interagir avec RSK. Dans un premier temps, une analyse bio-informatique de l'orféome du VZV a permis d'identifier une nouvelle protéine candidate, ORF25, en plus des protéines ORF1 et ORF11 dont l'interaction avec RSK a précédemment été montrée. Les régions codant ORF11 et ORF25 ont été clonées dans un vecteur d'expression à partir d'un lysat de cellules infectées par la souche vOka du virus (les clones pour ORF1 étant déjà disponibles). Des mutants dans lesquels le motif DDVF-like était altéré ont également été générés afin d'évaluer l'importance fonctionnelle de ce motif. Des expériences de co-immunoprécipitations ont confirmé l'interaction d'ORF1 avec RSK et montré qu'elle dépend du SLiM identifié. En revanche, l'interaction d'ORF11 et d'ORF25 avec RSK n'a pu être confirmée. Ensuite, les partenaires d'interaction cellulaires d'ORF1 ont été identifiés par marquage de proximité, en utilisant la biotine ligase BioID2 fusionnée à ORF1 suivie d'une analyse en spectrométrie de masse. Afin d'interpréter correctement les résultats de marquage de proximité et de s'assurer de leur pertinence biologique, la localisation subcellulaire des protéines candidates a été identifiée à l'aide de protéine de fusion avec la GFP. Cette approche a permis de caractériser leur localisation subcellulaire et de confirmer que la protéine de fusion ORF1-GFP se localise de manière similaire à la protéine de fusion ORF1-BioID2, démontrant ainsi la pertinence des résultats de marquage de proximité au regard de la localisation d'ORF1 au cours du cycle viral.